目前主流蛋白質(zhì)芯片的信號(hào)檢測方式主要是熒光檢測形體系。 將蛋白質(zhì)芯片與熒光素標(biāo)記的生物靶分子（核酸或蛋白質(zhì)等）進(jìn)行雜交，洗脫未結(jié)合組分后通過共聚焦熒光掃描儀或CCD熒光成像儀在特定的波長下激發(fā)熒光，獲得反應(yīng)結(jié)合的信號(hào)。 對熒光標(biāo)記的芯片用共聚焦熒光顯微鏡進(jìn)行掃描，然后通過計(jì)算機(jī)分析出每個(gè)點(diǎn)的平均熒光密度。

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